Archiv Jana Patočky oficiálně vznikl v lednu roku 1990. Svou činností se zaměřuje na studium, výklad, zpracovávání a vydávání děl významného filozofa 20. století, Jana Patočky, včetně shromažďování jeho rukopisů, obrazového materiálu a dalších dokumentů souvisejících s jeho filozofickou činností.
Jan Patočka studoval na Karlově univerzitě v letech 1925 až 1931, léta 1928 až 1929 pak strávil studiem na pařížské Sorbonně, kde se potkal s Edmundem Husserlem. Patočka navštěvoval jeho sérii přednášek o transcendentální fenomenologii. Když se mu podařilo získat Humboldtovo stipendium, odjel studovat k Edmundu Husserlovi do Freiburgu. Tam se mu věnoval také Eugen Fink a později i Martin Heidegger. Po komunistickém převratu v Československu v únoru 1948 Patočka již nesměl působit na univerzitách a později pracoval jako komeniolog v Československé akademii věd. Titulu profesor se Patočka zaslouženě dočkal až na podzim roku 1968. V té době se Patočka vrátil na Karlovu univerzitu a přednášel zde čtyři roky. V roce 1972 však byl donucen z univerzity odejít na základě zákona, podle kterého mohli být profesoři starší 65 let bez jakéhokoliv dalšího důvodu penzionováni. Zájem Patočkových studentů však vedl k pořádání tzv. bytových seminářů, které se konaly na různých místech. Po celou dobu Patočkova působení na univerzitě a později na bytových seminářích byly velice pečlivě zaznamenávány jeho přednášky. Jeho studenti pořizovali zvukové nahrávky, které potom dávali dohromady s pomocí zápisků, a vznikaly tak doslovné přepisy Patočkových přednášek.
V roce 1976 se Patočka připojil k protestu proti věznění členů skupiny The Plastic People of the Universe a DG 307 a podepsal dokument prohlášení Charty 77. Patočka se také s Václavem Havlem a Jiřím Hájkem stal prvním mluvčím Charty. To mělo za následek ukončení seminářů, protože Charta 77 vyvolala velký zájem policie a Patočka a další signatáři byli velice často podrobováni výslechům. Když se pak 1. března 1977 sešel, na popud novináře Dicka Verkijka, s nizozemským ministrem zahraničí Maxem van der Stoelem, vyslal tímto setkáním do světa jasnou zprávu. Bylo to první setkání zahraničního představitele vlády se zástupcem československého disentu. Prostřednictvím rozhovoru a krátké tiskové konference pak Patočka vysvětlil ministrovi, a také mezinárodnímu publiku, za co Charta 77 bojuje. To vyvolalo odezvu Státní bezpečnosti, která jej dlouho a intenzivně vyslýchala. Patočka byl v té době nemocen a jeho tělo tento tlak nevydrželo. Brzy byl hospitalizován v nemocnici na Strahově a dne 13. března 1977 zemřel. Patočkův pohřeb, kterého se účastnilo více než 800 lidí, se stal symbolickou manifestací proti komunistickému režimu.
Zpráva o Patočkově smrti byla utajena, ale Ivan Chvatík se o ní dozvěděl z vysílání rádia Svobodná Evropa a ihned vyrazil, společně s Miroslavem Petříčkem, do Patočkova břevnovského bytu. Cestou zkontaktovali Jiřího Polívku, který již měl stejný nápad, a spolu s Jiřím Michálkem jeli autem rovněž do Patočkova domu. Se souhlasem Patočkova zetě Jana Sokola zde shromáždili Patočkovo dílo a Jiří Polívka poté všechny spisy ukryl na místo, které nikdo jiný neznal. Tím byla pozůstalost po Patočkovi zachráněna. Chvatík a jeho kolegové ovšem nezůstali pouze u uchovávání Patočkovy pozůstalosti, ale rozhodli se ji také zpracovat a samizdatově vydat. Nakonec bylo vydáno 27 svazků Patočkových prací, které byly po roce 1989 nazvány „Archivní soubor prací Jana Patočky“. Samizdatová vydání Patočkových děl byla vyhotovována pomocí rozmnožovacích strojů jednoho ministerstva, jehož pracovnice byly ochotné za úplatu rozmnožovat soukromé texty, včetně filozofických materiálů. Přesné číslo kopií, které byly takto pořízeny, určit dnes nelze. Dle Ivana Chvatíka byl samizdatový náklad jednotlivých vydání zhruba 200 kusů. „Dodnes se mi nepodařilo pochopit, jak mohla policie takovou aktivitu tolerovat, protože přece není možné, aby o ní při rozsáhlosti sítě svých informátorů nevěděla,“ uvedl k tomu později Chvatík.
Patočkova filozofická pozůstalost, kterou jeho žáci v březnu 1977 uschovali, však zdaleka nezahrnovala veškeré Patočkovy materiály. Část svých rukopisů, vzniklých zhruba mezi lety 1929 až 1963, totiž Patočka sám daroval Literárnímu archivu Památníku národního písemnictví již v roce 1971. V PNP byl tento soubor jen zhruba roztříděn a uložen do jedenácti kartonů. Pracovníci Památníku na Patočkovu pozůstalost raději neupozorňovali a tak se tyto materiály nacházely v PNP „zapomenuty“ a v relativním bezpečí. O jejich existenci však nevěděli ani Patočkovi žáci, a proto se tyto rukopisy nestaly součástí samizdatově vydávaných spisů. Až v roce 1987 pracovník archivu Martin Svatoš upozornil Ivana Chvatíka a jeho kolegy na existenci těchto rukopisů a umožnil jim pořídit si od nich kopie. V roce 1990 se pak „strahovská pozůstalost“, tedy Patočkovy rukopisy uložené v roce 1971 do PNP, stala součástí oficiálně vzniklého Archivu Jana Patočky.
Patočkovy práce však nalezly ohlas nejen v Československu prostřednictvím samizdatových vydání, ale také v zahraničí. Velký podíl na tom měl vídeňský Institut für die Wissenschaften vom Menschen (IWM), který založil v roce 1982 polský filozof Krzysztof Michalski. Michalski, který si v 70. letech s Patočkou dopisoval a přeložil několik jeho prací do polštiny, se věnoval Patočkovu odkazu i v rámci IWM. Ne náhodou tak prvním velkým projektem Institutu bylo sestavení a vydání „Vybraných spisů Jana Patočky“. Do práce na tomto projektu se zapojil také Jiří Němec, který v roce 1983 z Československa emigroval. IWM založil ve Vídni „Archiv Jana Patočky“, který měl postupně shromažďovat dostupné spisy Jana Patočky a z Prahy tam byly poskytnuty xeroxové kopie všech uchovaných rukopisů. Smyslem tohoto archivu bylo umožnit zahraničním badatelům studovat Patočkovo dílo, což v Praze nebylo oficiálně možné. Archiv Jana Patočky v Praze až do současné doby spolupracuje s IWM, obě instituce společně vydaly podrobnou bibliografii všech Patočkových děl a nyní pracují i na vydání rukopisů, které pocházely z 50. a 60. let a před rokem 1990 byly uloženy v Památníku národního písemnictví.
Patočkovo dílo se dočkalo odezvy i v prostředí československé emigrace. Právě z těchto kruhů vzešla iniciativa vydat v zahraničí sebrané spisy Jana Patočky v češtině. Financování vydání slíbila zajistit Nadace Charty 77 a nadace Central and East European Publishing Project. Nakonec byl připraven první svazek, který však již nestihl do podzimu 1989 vyjít.
Po sametové revoluci, k 1. lednu 1990, založil Ivan Chvatík s Pavlem Koubou v Praze Archiv Jana Patočky jako zvláštní oddělení ve Filozofickém ústavu Československé akademie věd. Od roku 1993 je Archiv Jana Patočky součástí Centra pro teoretická studia, společného pracoviště Akademie věd České republiky a Univerzity Karlovy v Praze. Hlavní činnost Archivu spočívá v přípravě a vydávání Sebraných spisů Jana Patočky, včetně překladů cizojazyčných textů do češtiny, transkripcí rukopisů, jejich tematického uspořádání, doplňování, komentování a dalších edičních činností. Dosud Archiv vydal 18 z plánovaných 25 svazků. AJP také pečuje o Patočkovu pozůstalost, kterou Archiv získal od přímých dědiců a která je uložena v prostorách Centra pro teoretická studia. AJP spravuje Patočkova autorská práva a uděluje licence pro překlady jeho děl do cizích jazyků. Kromě toho Archiv spolupracuje s mnoha domácími i zahraničními filozofickými institucemi a organizacemi, zejména v oblasti fenomenologických studií. Od roku 2017 je součástí Archivu také ediční oddělení OIKOYMENH (Oikúmené) při Filozofickém ústavu Akademie věd České republiky, které vydává filosofickou a teologickou literaturu.
