Část sbírky pražského Popmusea byla zničena a většina poškozena katastrofální povodní v srpnu 2002. Hledaly se nové prostory, instituce řešila ozdravení a záchranu sbírky. Vodou byly zcela zničeny tehdejší prostory instituce v Besední ulici v Praze, v depozitáři došlo k zatopení uložených přístrojů, zvukových nosičů i ucelených sbírek, pozůstalostí, knih a časopisů. Restaurování dokumentů, sušení, třídění a nové evidování probíhalo za pomoci Národního muzea. Většina půjčených předmětů a dokumentů byla po ošetření navrácena jejich majitelům. Část sbírky (konkrétně vinylové gramodesky a obaly, fotografie apod.) byla převezena k odbornému ošetření a šetrnému uložení do Brna, do depozitáře v objektu Stará pekárna ve Štefánikově ulici. Zbytek sbírky byl nově uložen v depozitáři v Praze - Horních Počernicích a od roku 2005 také v Kulturním centru Kaštan v Praze – Břevnově. Od uvedené doby zde instituce sídlí, má zde deponovánu stálou výstavní expozici a pořádá většinu svých tematických výstav a dalších popularizačních akcí.
Diesler, Radek. 2016. "Příběh pražského Popmusea 1998-2015." Nový Populár, No. 1. Accessible at https://www.popular.sk/pribeh-prazskeho-popmusea-1998-2015-i-s-malym-hercem-se-da-hrat-velke-divadlo.
Popmuseum. 2018. “Popmuseum”. Accessed August 13. http://www.popmuseum.cz/about/about.php?l=cz#history.
Opekar, Aleš , Diestler, Radek, interview by Chmátal, Jonáš , April 07, 2017. COURAGE Registry Oral History Collection
