Sbírku založil historik Vilém Prečan po svém příchodu do exilu v roce 1976 jako osobní archiv disidenta a dramatika Václava Havla, protože všechna jeho díla byla doma neustále ohrožována zabavením při policejních raziích. Václav Havel byl nejvýznamnější, a v zahraničí nejznámější, osobností československého disentu, byl jedním z iniciátorů a autorů Charty 77 a byl také zakládajícím členem VONS (Výbor na obranu nespravedlivě stíhaných). Výrazně se angažoval v boji za lidská práva a občanskou svobodu. Havel patřil k čelným představitelům opoziční kultury. Jeho divadelní hry reagovaly na soudobou politickou realitu a duchovní atmosféru v Československu, většina z nich byla publikována a inscenována v zahraničí. Vilém Prečan shromažďoval vše, co Havel napsal a odeslal různými pašovacími kanály, především však diplomatickou poštou, na Západ. Do sbírky tak postupně přibývaly divadelní hry, články, fejetony, eseje, různá interview, otevřené dopisy, protesty a také proslovy k uděleným cenám. Vilém Prečan také archivoval vše, co bylo o Havlovi napsáno, jednak ohlasy na Havlovy umělecké a občanské aktivity v západních a exilových médiích, ale také pomlouvačné kampaně v československém oficiálním tisku. Shromažďoval Havlovy knihy, které byly vydány v samizdatových edicích a v exilových nakladatelstvích, ale i knihy přeložené do různých jazyků. Sbíral i knihy a texty pojednávající o něm. Vilém Prečan pečlivě monitoroval všechny Havlovy veřejné aktivity, jako byly důležité události Charty 77, schůzky se zahraničními politiky a spisovateli, ale i různá opatření ze strany režimu, jako byly domovní prohlídky, zadržení či zatčení. Prečan také Havlovi zprostředkovával kontakt s nakladateli a překladateli, staral se o redakční úpravy, korektury, distribuci a publicitu jeho knih. Spolu s ostatními politickými exulanty se tak zasloužil o Havlovo zahraniční renomé. Prečan sbírku neustále doplňoval a aktualizoval. S Václavem Havlem byl po jeho propuštění z vězení v roce 1983 v neustálém spojení, vyměnily si přes dvě stovky dopisů a byli i v častém telefonním kontaktu.
Václav Havel pak sehrál důležitou roli při založení archivního, dokumentačního a informačního centra, o které Vilém Prečan usiloval od příchodu do exilu. V lednu 1986 washingtonská nevládní organizace Národní nadace pro demokracii poskytla dotaci na projekt dokumentačního centra v exilu. Při udělení grantu sehrál velkou úlohu apel Václava Havla z 29. června 1985 na podporu rodícího se střediska. Václav Havel poukázal na jedinečný význam práce Viléma Prečana, který dosud provozoval středisko bez institucionálního zázemí, ve vlastní režii a pouze s pomocí nejbližších přátel „téměř jako soukromý koníček“. Československé dokumentační středisko nezávislé literatury (ČSDS) bylo pak založeno v březnu 1986 a od listopadu 1986 sídlilo v bavorském Scheinfeldu na zámku Schwarzenberg, kde nechal na své náklady upravit prostory Karel Schwarzenberg. Do nově vzniklého střediska předal Prečan všechny své sbírky. Mnozí tvůrci samizadatu podpořili toto středisko a doplnily jeho samizdatové sbírky, byl mezi nimi i Václav Havel. V září 2000 se dokumentační středisko a jeho sbírky přestěhovaly do České republiky. V roce 2003 uzavřelo ČSDS s Národním muzeem v Praze darovací smlouvu. Sbírky ČSDS, včetně dokumentační sbírky Václav Havel, tak byly předány Národnímu muzeu.
Sbírka Václav Havel se tedy skládá především z materiálů, které sesbíral Vilém Prečan, a které také dodal Václav Havel. Až do vytvoření Československého dokumentačního střediska byla sbírka uložena u Viléma Prečana, který ji poté uložil do ČSDS a následně, v roce 2003, byla předána Národnímu muzeu. Sbírka je unikátním svědectvím života a díla Václava Havla.
